十二年前，號稱是鋼彈系列後最成功的機器人動畫「新世紀福音戰士 EVANGELION」結束之後依然留下了許多疑點，
至今仍為粉絲們熱烈討論。GAINAX 所推出的《新世紀福音戰士 機密檔案》遊戲中，玩家將扮演 NERV 的情報員，
從另一個角度來一窺人類補完計畫的真相。
◆ 原創新角色觀點下的 EVA 世界
遊戲以動畫的 17～24 話與劇場版「Air 真心為你」為基礎。主角不是玩家熟悉的原作角色，
而是隸屬於 NERV 諜報部的探員劍崎恭也。故事從主角秘密運送 EVA 四號機到了 NERV 本部開始，
面對恐怖份子的攻擊、NERV 內部暗藏的陰謀等，透過調查各個事件，逐漸解開原作中留下的種種謎團。
玩家扮演的主角劍崎，在與美里、加持、律子、真嗣、零、明日香等人的交流之下，也逐漸產生了疑問…。
◆ 三大主線釐清 EVA 所有謎團
隨著遊戲進行，主線會發展出三個故事：「基本路線」與 TV 和劇場版故事相同，
玩家可以透過主角劍崎的觀點，和 EVA 駕駛者與 NERV 其他成員的互動中，再次體驗新世紀福音戰士的世界觀。
在「主角路線」中，與美里、律子和加持曾為同窗的劍崎，發現自己也帶有使徒的遺傳因子，為此而苦惱著，
並重新思考了自己的方向。「瞳路線」則是透過遊戲裡另一位新登場的原創角色，參與 Dummy System 和
Dummy Plug 開發的科學家加賀瞳的觀點，在看到初號機與第 14 使徒的作戰後，感受到的恐怖與威脅感。
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